Através de uma escritura pública de 19 de abril de 1870, lavrada no Tabelião Antônio César, de Botucatu, o alferes Manoel Gomes de Faria e dona Delfina Carolina Gomes, Antonio Joaquim Mendes e dona Sinhorinha Rosa da Conceição, fizeram a doação dos primeiros 13 alqueres, no local denominado Água Clara, para o patrimônio da Capela de São Manuel. A doação se fez com a condição de que os bens reverteriam aos doadores, caso não progredisse o povoado e não se realizasse a intenção dos mesmos. Gomes de Faria doou também na ocasião um paramento, um altar, a imagem de São Manuel e a Pia Batismal.

Em 2 de fevereiro de 1871, aquele terreno foi permutado por outro, onde se edificou a cidade. Foram permutantes, de um lado, Manoel José Pereira, procurador e zelador da capela e, de outro, Joaquim Antônio Pereira Pires e sua mulher Francisca Maria de Paula. A permuta foi autorizada pelo Juiz Dr. Amaral Gurgel, após ouvir o promotor de Resíduos e Capelas, Dr. Bernardo Augusto Rodrigues da Silva.

Associando-se a Manoel Gomes de Faria e a Antônio Joaquim Mendes, Manoel Vieira Paraíso doou mais uma área adjacente ao patrimônio e, pela coincidência do primeiro ser possuidor das terras da Águas Clara do Paraízo e este último chamar-se também Manoel, resolveram dar ao local a denominação de São Manoel do Paraízo.

O lugar onde está edificada a cidade era conhecido como Bairro do Paraízo, ou dos Tavares. A Lei nº 51 de 7 de abril de 1880, nove anos depois da fundação do povoado, elevou-se a Freguesia. A Capela de São Benedito foi edificada em 1874, sendo benta em outubro daquele ano e, mais tarde, sendo reedificada. Quem a benzeu foi o padre João Lopes Pinheiro que era vigário de Botucatu.

O povoamento do atual território de São Manuel deu-se antes de 1850, e suas terras eram, em geral, provenientes de posses registradas de acordo com a lei de 1850, havendo também algumas sesmarias.

A data de sua fundação é registrada como a mais próxima doação de terras, ou seja, 17 de junho de 1870.