No ano de 1887, em território de Araraquara, às margens do rio Boa Esperança foi formado o Patrimônio da Capela de São Sebastião a pedido de Manoel Jorge de Marins, onde já havia uma pequena capela.

No período de 1850 e 1904 cerca de 209 alqueires foram doados para povoação e agregados ao Patrimônio, os doadores foram: Marcella Martha de Jesus, Joaquim da Costa Sobrinho, Amanicho de Oliveira Sardinha, Antônio José da Motta, Lourenço José de Faria, Maria Rita de Camargo e Joaquim Francisco da Cruz.

Nessa época o lugar ficou conhecido como capela de São Sebastião de Boa Esperança, elevado a distrito de Paz pela Lei estadual nº 336, de 23 de julho de 1895, com o nome de Boa Esperança. E pela Lei estadual nº 542, de 21 de julho de 1898, torna-se município, se emancipando de Araraquara.

Em 1944, passou a chamar-se Boa Esperança do Sul por determinação do CNG.